李自成進城後，將他的屍體抬到東華門，搜出身上的血書，葬在昌平州。當地人民又將他合葬在田貴妃墓中。滿清軍入關後．將他移葬思陵，諡為懷宗，後改諡莊烈帝。南明政權諡他為思宗烈皇帝，後又改諡為毅宗，史又稱崇禎
崇禎帝卒後，南明弘光年間諡思宗烈皇帝。廟號思宗，後改為毅宗。後金改為莊烈湣皇帝。廟號懷宗。葬北京昌平思陵。
清兵入關之後的
南明弘光帝
福王——朱由菘
弘光帝朱由菘（西元？－1646年），明神宗朱翊鈞孫。崇禎帝堂弟。崇禎帝在北京自殺後，他在南京被擁立為帝。在位2年，水戰中被叛將縛送清軍後被殺，葬處不明。
朱由菘，福王朱常洵長子。西元1641年李自成攻破洛陽殺朱常洵時，他逃脫而流落江淮。西元1643年襲封福王。清兵入關後，逃至淮安（今江蘇省淮安縣）。西元1644年5月，由鳳陽總督馬士英和總兵高傑、劉澤清、黃得功、劉良佐等人在南京擁立為監國，壬寅日稱帝，改年號為弘光，建立了南明第一個政權。
朱由菘稱帝後，與農民軍為敵，幻想和清軍議和。他大難當頭卻又昏庸腐朽，不理朝政，只顧沉湎酒色，強征民女入宮，將大權委於馬士英、阮大鋮等佞臣宦官，排斥以史可法為首的東林黨人。
朱由菘為什麼要排斥東林黨人？這裏面有一個小插曲。原來朱由菘的父親，福王朱常洵是萬曆時期“國本之爭”的失敗者，當時萬曆皇帝寵愛鄭貴妃，更是將鄭貴妃的兒子朱常洵視若掌上明珠，加上鄭貴妃整天在萬曆皇帝枕邊吹風，萬曆皇帝早就有廢長立幼的想法。萬曆皇帝先是封了鄭氏為貴妃，而長子的母親卻還是妃子，這是不合古制的，其次是在朱常洛長大後遲遲不讓他上學，然後又想出了三王並封的主意，將眾皇子都封為王以降低長子的地位，被大臣們（主要是東林黨人）所阻而沒有得逞。之後在立太子的問題上，雙方爭奪激烈，東林黨人根據封建宗法制“有嫡立嫡，無嫡立長”的原則，堅決反對立朱常洵為太子，拖延了10餘年，至西元1600年長子朱常洛才被萬曆皇帝立為太子，而朱常洵最終被出封洛陽為福王，這個福王最後在洛陽被李自成所殺。所以作為福王朱常洵兒子的朱由菘，對東林黨人從心理上就沒有什麼好感。自然而然地就偏向於東林黨人的對頭——閹黨。
由於弘光帝在其內部的黨爭中偏向馬士英、阮大鋮等佞臣宦官，對外又不作防禦清軍的準備，這直接導致了弘光帝的失敗。
西元1645年，風雨飄搖的弘光小朝廷內，又鬧起了所謂的“三疑案”，即大悲案、太子案、童妃案。首先是大悲案。大悲是個和尚，俗家姓朱，潞王信佛，曾和他認做本家。由於東林黨人曾想立潞王為帝，所以弘光帝對潞王一直嚴加防範，生怕他奪了自己的帝位。此時大悲和尚來到南京，弘光帝懷疑他是來為潞王刺探情報，便將他下獄，定成死罪。其次是太子案，有一個自稱是崇禎太子朱慈糧的年輕人，從北方來到南京，弘光帝又怕自己的寶座被他奪去，匆匆定他是假太子，投入獄中。最後是童妃案，當年李自成攻下洛陽時，時為福王世子的朱由菘扒城逃脫，在開封與周王府宮女童氏私定終身，而今童妃千裡尋夫到南京，他卻堅不承認，將他投入獄中折磨而死。
這三案鬧成滿城風雨，引起一系列的連鎖反應。尤其是太子案，加速了弘光政權的滅亡。當時鎮守南京上游的左良玉，早年是東林黨人侯恂一手提拔起來的，跟東林黨人關係很好，與馬、阮等閹黨和弘光帝相互猜疑，太子案為他提供了一個藉口，於是他便以清君側的名義浮江東下，與此同時，清朝豫親王多鐸率領的清軍在進佔西安，擊敗李自成農民軍之後，正以狂風暴雨之勢，橫掃中原，直撲江北，進抵淮河一
線。此時的弘光帝與馬士英等人，卻命令江北防線的明軍回師攻打左良玉，以致江北防線大開，不戰自亂。
西元1645年5月，清朝豫親王多鐸率清軍血洗揚州後渡江直撲南京。警報傳來，朱由菘還在飲酒作樂。他慌忙收拾行裝，於10日深夜攜帶愛妃，暗暗從通濟門出走，棄城逃至蕪湖黃得功軍中。第二天，清軍追到，朱由菘與愛妃避入黃得功船中。兩軍展開了水戰，黃得功被冷箭射死，部將田維乘機反叛，捆綁了朱由菘及其愛妃，
送與清軍邀功。5月25日被押回南京。9月，被押送到北京。第二年，被殺於北京宣武門外的柴市。
朱由菘又史稱弘光帝，也稱福王。
